山东中医药大学创建于1958年，1978年被确定为全国重点建设的中医院校，1981年成为山东省重点高校，1996年经原国家教委批准更名为山东中医药大学，是教育部本科教学工作水平评估优秀学校、国家“特色重点学科项目”建设高校、山东省首批五所应用基础型人才培养特色名校之一。

国家重点学科(2个)：中医基础理论、中医医史文献。

国家重点(培育)学科(1个)：中医内科学。

省级重点学科(14个)：中医基础理论、中医医史文献、中西医结合基础、中药学、针灸推拿学、中医儿科学、方剂学、中医妇科学、中医内科学、中医外科学、生药学、眼科学、中医骨伤科学、中医全科医学。

国家中医药管理局重点学科(29个)：中医基础理论、中医文献学、中药药剂学、中西医结合基础、中西医结合临床、中医心病学、中医脑病学、中医肿瘤病学、中医妇科学、中医儿科学、中医全科医学、针灸学等。

国家级特色专业(4个)：中医学、中药学、针灸推拿学、制药工程。

教育部综合改革试点专业(1个)：中医学。

省级特色专业(11个)：中药学、制药工程、康复治疗学、护理学、应用心理学、信息管理与信息系统、眼视光学、中草药栽培与鉴定、中西医临床医学。